Konohagakure merupakan desa terkuat dari semua desa yang ada di dunia shinobi. Desa ini memiliki banyak ninja kuat. Pemimpin desa ini bergelar Hokage, dan konon sebutan ini merupakan salah satu sebutan yang diperuntukkan bagi kelima ninja legendaris yang dapat menggunakan satu dari lima elemen, yaitu api, air, tanah, angin, udara, Desa Konohagakure memiliki beberapa keistimewaan, misalnya tempat diselenggarakannya ujian Chunnin. Desa ini pernah diserang oleh Kyuubi, sebelum Yondaime menyegelnya ke dalam tubuh Naruto.Konoha mulai dikenal karena Hokagenya. Mereka mempunyai cerita sendiri yang sangat terkenal. Yang pertama adalah cerita tentang Hokage Pertama, dia adalah orang yang bisa mengalahkan Madara Uchiha nenek moyang klan Uchiha. Madara sebenarnya sahabat Hokage Pertama yang sama-sama membangun konoha tapi pola pikiran mereka sangat berbeda. madara adalah moyang klan uchiha yang dimana keistimewaan klan ini antara lain dapat mengontrol kyuubi sehingga mampu mengatur, memanggil dan menghilangkannya. Dahulu, madara yang dikhianati oleh hokage pertama dalam pengembangan desa memanggil kyuubi untuk memeporakporandakan konoha. Namun ia masih hidup dan bergabung dengan akatsuki dengan nama tobi. Karena itu melihat uchiha yang bertentangan olah pikiran dengan konoha lain, maka hokage ketiga menyuruh itachi uchiha agar membunuh semua klan uchiha, itachi yang merupakan penghubung antar klan terintimidasi dan bersedia hingga membunuh semua klannya, namun menyisakan satu orang yaitu sasuke. tujuannya agar sasuke menjadi kuat untuk membalas dendam. Sasuke yang mengetahui Itachi membunuh dengan terpaksa akhirnya diberi "mata elang" oleh itachi saat mereka bertempur baru-baru ini.
Hokage Ketiga adalah guru dari 3 legenda sannin. Ia adalah Hokage yang terkenal sangat bijaksana dan juga pernah mengajarkan jurus yang digunakan untuk menyegel Kyuubi pada Hokage Keempat. Dengan jurus itu Kyubi bisa disegel, dan dengan jurus itu Hokage bisa mengunci tangan Orochimaru ketika terjadi penyerbuan ke desa Konoha. Hokage Keempat adalah murid dari Jiraya, juga salah satu dari legenda sannin seperti Tsunade. Dialah yang bisa menyegel monster Kyubi ke dalam tubuh Naruto meskipun harus mengorbankan nyawanya sendiri. Ia adalah Hokage yang menciptakan Rasengan yang sekarang menjadi jurus andalan Naruto. Hokage Keempat adalah ayah dari Naruto itu sendiri. Ada desas desus bahwa Hokage Keempat adalah Ketua Akatsuki. Meskipun begitu dia adalah orang yang sangat hebat. Yang terakhir adalah Tsunade atau Hokage Kelima. Dia adalah salah satu dari 3 legenda sannin. Meskipun umurnya sekitar 50 tahun tapi ketika melihatnya wajahnya seperti masih umur 20 tahunan. Saat ini belum ada cerita tentang Hokage kedua, meskipun begitu Konoha akan terus bertekad menjadi sebuah desa besar yang sangat besar dan pencetak para ninja dan shinobi yang kuat dan memiliki hati dan budi yang luhur. Anggota akatsuki dari desa ini adalah Tobi dan Itachi Uchiha.
Sunagakure merupakan desa yang beraliansi dengan Konoha ini diberi gelar desa elemen pasir namun berada di desa angin sehingga banyak shinobi dari desa ini yang menggunakan teknik pasir dan angin. Pemimpin desa ini disebut sebagai Kazekage. Simbol dari desa mereka adalah jam waktu. Ichibi Shukaku atau si ekor satu berasal dari desa ini.Suatu ketika, para bangsawan Negara Angin, negara di mana desa ini berada, memutuskan untuk mengurangi anggaran militernya. Untuk menjaga agar desanya tetap kuat, Kazekage memutuskan untuk memperbaiki kualitas setiap ninja sebagai alih-alih menambah kuantitas prajuritnya. Gaara adalah salah satu "produk" dari keputusan tersebut.
Pengurangan anggaran ini ternyata tetap berdampak buruk bagi kekuatan militer Sunagakure. Banyak klien yang berpindah dan memilih untuk menyewa jasa ninja Konoha. Akibatnya, Kazekage berpendapat bahwa hal ini sangat mengancam eksistensi Suna. Ia pun beraliansi dengan Otogakure untuk menghancurkan Konoha sehingga klien dapat kembali memilih Suna. Namun penyerangan tersebut gagal akibat pengkhianatan Otogakure. Terlebih lagi, Kazekage juga tewas. Hal ini menyebabkan Sunagakure balik beraliansi dengan Konoha. Dalam misi penyelamatan Sasuke, Sunagakure mengirim Gaara, Temari, dan Kankuro untuk membantu Konoha. Gaara kemudian menjadi Kazekage ke lima, menggantikan Kazekage sebelumnya yang tak lain adalah ayah dari Kankurou, Temari, dan Gaara. Anggota akatsuki dari desa ini adalah Sasori.
Kirigakure terletak di Negara Air. Pemimpinnya disebut sebagai Mizukage. Kirigakure dijuluki sebagai desa air sebab kebanyakan shinobi di desa ini menggunakan elemen air sebagai jutsu mereka. Desa ini juga tempat tinggal jinchuuriki terdahulu dari Bijuu ekor 3, sebelum dilepas bebas dan akhirnya ditangkap oleh Deidara dan Tobi. Di masa lalu, Kirigakure terkenal karena sistem kelulusan akademi ninjanya yang amat kejam. Sistem tersebut mengharuskan setiap calon lulusan untuk menyerang, melukai, bahkan membunuh teman-teman seangkatan mereka. Namun sistem ini akhirnya dihapus setelah seorang siswa bernama Zabuza Momochi berhasil membunuh seluruh siswa angkatannya dalam tes ini. Bersama dengan Kisame Hoshigaki dan Raiga Kurosuki, Zabuza termasuk dalam kelompok Legenda 7 Pedang Ninja dari Desa Kabut, kelompok ninja terkuat di desa ini yang menggunakan pedang besar sebagai senjata andalannya.Desa ini juga pernah menjadi markas klan ninja terkenal, klan Kaguya. Klan ini sangat suka bertarung dan memiliki kemampuan kekkei genkai untuk mengontrol tulang mereka sendiri, yang dapat mereka keluarkan dari tubuhnya untuk dijadikan senjata. Namun klan ini akhirnya musnah setelah berperang melawan penduduk desa mereka sendiri. Penduduk desa merasa takut dengan kekuatan kekkei genkai dan akhirnya sepakat untuk membantai klan ini. Kimimaro merupakan salah satu ninja dari klan Kaguya.
Kakashi Hatake pernah menyebutkan bahwa desa kabut melatih ninja mereka untuk menjadi pemberani dan sangat kuat, dan menegaskan bahwa ninja dari desa ini jauh lebih berbahaya dari ninja di desa lainnya. Kakashi juga menyatakan teori bahwa andai saja perang saudara antara penduduk desa dengan klan Kaguya tidak terjadi, desa ini akan menjadi desa kuat yang menyaingi konoha. Madara Uchiha dikatahui pernah menjadi Mizukage di Desa ini. Mizukage keempat mereka adalah Yagura yang pernah hampir mau dibunuh oleh Zabuza. Mizukage mereka yang sekarang adalah Mizukage kelima. Nama Mizukage kelima adalah Mei terumi. Anggota akatsuki dari desa ini adalah Hoshigaki Kisame.
Kumogakure desa yang terletak di Negeri Petir. Sebagai bagian dari 5 desa terbesar ninja, Kumogakure mempunyai seorang kage, yaitu Raikage. Di masa lalu, saat Kumogakure dan Konohagakure sedang berperang, salah satu shinobi dari desa ini mencoba untuk menculik Hinata Hyuga, namun gagal dan berakhir dengan kematian ayah Neji. Pada umumnya, ninja Kumogakure menguasai elemen petir secara dominan.Terdapat jinchuuriki di Kumogakure, yaitu Yugito Nii, pemilik Nekomata (siluman berekor dua) yang berhasil ditangkap Akatsuki ,dan juga jinchuuriki ekor 8, yaitu pria bernama Killer-bee yang belum tertangkap Akatsuki. Di negara ini juga ada ninja hebat yang bernama Samui, Karui, dan Omoi.
Iwagakure merupakan desa yang tersembunyi di antara bebatuan. Desa ini pernah berperang dengan Konoha dalam perang besar ninja ke-3. Ninja desa Iwagakure mengandalkan elemen tanah. Iwagakure mempunyai Kage yaitu Tsuchikage. Desa ini juga mempunyai 2 jinchuuriki. yaitu ekor 4 yang telah ditangkap Akatsuki, dan Ekor 5 yang juga sudah disegel. Anggota akatsuki dari desa ini adalah Deidara.
